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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已表明出普遍的怪物催化活性，涉及抗癌症和抵抗疾病毒意义。一般说来，三萜是借助甲羟戊酸路径制作而成的，并从天然冰蕨类植物和真菌感染中取出。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上发稿了发表文章“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的研发本文。该研发发现三萜类氧化物虫草酸（GA）是能够溶剂锻炼的无柄虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的菌物学应用导致的。使用转录组和核脂肪酸组学能力进一次研究无柄虫草菌丝体中DHT导致2种虫草酸（GA）的措施，并依照几组学能力检则到的距离染色体和距离核蛋白酶，预测出DHT 菌物学合成图片 GA 的条件。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录多组分析和工作划分类别

依据对无柄灵芝粉真菌孢子菌丝体实现转录组测序共受到67230个转录本和14299个单染色体。在这个单染色体中，492被亲子鉴定为不同体现染色体（DEGs），在当中213个体现上浮，279个体现下跌（图1A）。GO丰度具体进行分析后，DEGs可分成生物制品整个时中（BP）、細胞膜有效成分（CC）和碳原子系统（MF）3类。在BP等级分类中，导致了前三子等级分类：抗生素类转化消化吸收整个时中，醋酸钠盐消化吸收整个时中和甲酸盐消化吸收整个时中;而在CC等级分类中，細胞膜外区、突触分手后复合体、突触架构是前三亚类。谈谈MF等级分类，甲酸脱氢酶（NAD）几丁质酶氧、硫化完美重现酶几丁质酶氧和酸氨（或酰胺）无线连接酶几丁质酶氧是前三亚等级分类（图1B）。在DEGs的KEGG的信号的信号信号通路具体进行分析中，前30条丰度度最高的的的信号的信号信号通路含有27条专属消化吸收，在当中丁烷消化吸收、乙醛酸盐和二羧酸盐消化吸收、丙酸盐消化吸收的信号的信号的信号信号通路相关系数丰度（图1D）。

图1|转录类物质析和功能表分类别

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

凭借对无柄虫草真菌孢子菌丝体做出蛋清质组学探讨，大概断定了16,457种多样肽、2606种蛋清质和2588种酶联免疫法蛋清质。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的需求必备条件下，没有你2606种蛋清质中，94种被评定为相互影响表现蛋清（DEPs），在中仅52种调整，42种下降（图2A），图2C彰显了相互影响表现蛋清的聚类分折法探讨热图。从GO探讨来说，BP门类彰显，太很多DEPs参于冰醋酸盐产生环节、抗菌素可分解成产生环节和制剂可分解成产生环节。CC类DEPs在神经神经元外区、过硫化物酶体和微体中平均水平较高，硫化恢复酶渗透性和甲酸脱氢酶（NAD）渗透性在MF类中DEPs的比例图较高（图2B）。与转录组效果同类，KEGG通道探讨彰显，大多DEPs在产生中聚集，在中仅3条最聚集的经由是光合生态学中的碳紧固、碳产生和MAPK讯号通道（图2D）。不仅，凭借探讨GO数值库的CC对DEPs做出亚神经神经元产品定位探讨和引用（图2E），DEPs核心的分布点在神经神经元质（40.66%）、神经神经元膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），理论与实践上是GAs生态学生成的核心的的位置。

图2|核蛋白组的定量介绍介绍和功用印证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

糊口物转化率和剖析组备选DEGs和DEPs开发了维恩图，有20个不同展示染色体（图3A）。对转录组和血清质组中E组和C组共设的DEGs/DEPs完成聚类算法浅析，察觉mRNA和血清质相互间有14个上涨染色体和4个下跌染色体，DEGs与其说翻译英语的DEPs展示级别呈正各种有关系内容，系统设计Pearson的各种有关系内容指数浅析，在转录组和血清质组相互间验测到相比较较高的各种有关系内容性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）判断报告凸显，E组和C组19个DEGs的抒发情况的差异取得，各举9个为上涨DEGs，俩个为再降DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的抒发发展与转录混合物析报告同步。

图3|蛋白酶质组的定量分折分折和功效手机验证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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